Наукова робота у ННІ біохімії, фармакології та гігієни ім. М.П.Скакуна проводиться за такими напрямками: планування та виконання дисертаційних робіт; виконання кафедральних та міжкафедральних науково-дослідних робіт; виконання госпдоговірних робіт; організація та участь у проведенні науково-практичних конференцій; організація та керування студентськими науково-дослідними роботами; участь у роботі міжкафедральної навчально-дослідної лабораторії.
Щорічно двічі за рік заслуховувалися звіти дисертантів кафедр про виконану наукову роботу та звіти про виконання кафедральних та міжкафедральних науково-дослідних робіт; виконання госпдоговірних робіт; своєчасно подавалися звіти про уже виконані науково-дослідні роботи. Постійно розглядалися питання наукової роботи студентів у кафедральних гуртках СНТ.
Колективом інституту було отримано більше трьох десятків патентів на винахід, на твір, а також свідоцтва про раціоналізаторські пропозиції.
У 2011-2012 рр. проведено капітальний ремонт адміністративного корпусу, у якому розміщується інститут, зокрема всіх кафедр, із заміною покриття даху, підлоги, встановленням підвісних стель, освітлення, ремонтом стін, міжповерхових сходинок та перил, дверей, вікон, виготовленням у власному столярному цеху ТДМУ навчальних та офісних меблів. Між поверхами створено нові композиції на переходах: Клятва Гіппократа; 1000-літня історія української медицини; Медицина. У 2015 році запрацювала лекційна аудиторія №1а з заміною підлоги, освітлення, установленням підвісної стелі, ремонтом стін, установкою комп‘ютера, підвісного відеопроектора, підведенням Інтернет-мережі. У цокольному приміщенні корпусу обладнана роздягальня для студентів.
На базі ННІ створена міжкафедральна навчально-дослідна лабораторія, у якій працюють підрозділи імунологічний, імуноферментний, біохімічний, клінічний, морфогістохімічний, лабораторія полімеразно-ланцюгової реакції, проводяться дослідження з проточної цитофлюориметрії. При лабораторії вже декілька років працює Центр дослідження Лайм-бореліозу. Розпочав свою роботу відділ клітинних культур, в якому освоєно методику вирощування фібробластів. Ця лабораторія є сучасним науковим центром для виконання міжнародних наукових проектів з реальною можливістю публікувати отримані результати у провідних закордонних виданнях, які входять до наукометричних баз Scopus та WEB of Science.
Заплановано: виконання співробітниками кафедр ННІ чотирьох докторських та десяти кандидатських дисертацій; продовження наукових досліджень у рамках кафедральної НДР «Встановлення ефективності препаратів метаболічного типу дії та ентеросорбції при патологічних процесах різної етіології», зокрема вивчення гепатозахисної активності кверцетиновмісних препаратів при експериментальному цукровому діабеті обох типів, обґрунтування застосування нового складу лікарської форми парацетамолу з тіотриазоліном, встановлення ролі системи оксиду азоту у порушеннях функції внутрішніх органів та патогенезі акушерської патології при експериментальному антифосфоліпідному синдромі (науковий керівник проф. К.А. Посохова); продовження наукових досліджень у рамках міжкафедральної НДР “Клініко-епідеміологічне та імунологічне обгрунтування вдосконалення профілактичних і лікувальних технологій при грипі та інших гострих респіраторних вірусних інфекціях”, зокрема вивчення можливостей корекції патологічних проявів при респіраторному дистрес-синдромі за допомогою засобів з антигіпоксичною активністю; виконання міжкафедральної науково-дослідної роботи на тему “Біохімічні механізми токсичності наночастинок різної природи та інших антропогенних і біогенних токсикантів в біологічних системах”(науковий керівник проф. М.М. Корда). За останні роки науковці ННІ взяли участь у дослідженнях з трьох госпдоговірних тематик загальним бюджетом понад 200 тис. грн.
За участю кафедри медичної біохімії видається журнал “Медична та клінічна хімія” (Medical and Clinical Chemistry), який затверджений ВАК України та індексований у наукометричних базах Google Scholar, CrossRef, Ulrich's Periodicals Directory, Index Copernicus, BASE (Bielefeld Academic Search Engine).
Викладачі ННІ беруть активну участь у міжнародних наукових програмах, проходять стажування у закордонних наукових центрах, в тому числі у рамках програми академічної мобільності ERASMUS+.