Навчально-науковий iнститут фармакологiї, гiгiєни та медичної бiохiмiї ім. М.П. Скакуна створений за ухвалою вченої ради Тернопiльського державного медичного унiверситету iменi I.Я. Горбачевського вiд 8 червня 2005 року № 14 та наказом ректора Тернопільського державного медичного університету імені І. Я. Горбачевського член – кор. НАМН проф. Л. Я. Ковальчука вiд 8 червня 2005 року № 201 з початком функцiонування з 15 липня 2005 року. Інститут став структурним підрозділом медичного факультету, створювався він з метою підготовки сучасних спеціалістів, які повинні достатньою мірою володіти медичними знаннями і навичками, а також для проведення комплексних наукових досліджень за профілем інституту.

Кафедри фармакологiї з клiнiчною фармакологією (завідувач кафедри проф. Олещук Олександра Михайлівна, завідувач курсу клiнiчної фармакології проф. Шманько Володимир Васильович), загальної гiгiєни та екології (завідувач проф. Кашуба Микола Олексійович), медичної біохiмiї (завідувач доктор мед. наук Підручна Світлана Романівна) є базовими структурними підрозділами ННІ, вони проводять навчально-виховну і методичну діяльність з навчальних дисциплін декількох спеціальностей та спеціалізацій і здійснюють наукову, науково-дослідну та науково-технічну діяльність за певним напрямком. Першим директором 29 серпня 2005 р. на сумісному засіданні колективів кафедр інституту був обраний шляхом таємного голосування на альтеративній основі на той час завідувач кафедри медичної хiмії проф. Гонський Ярослав Іванович. З 2008 р. по 2012 р. посаду директора ННІ обіймав доцент Пашко Костянтин Олександрович. В інституті функціонують Вчена рада, що є дорадчим органом директора інституту, який є головою вченої ради, та циклова методична комісія (ЦМК). Їх засідання проводяться згідно з затвердженими річними планами робіт. На підставі ухвал вченої ради директор інституту видає розпорядження, обов’язкові для виконання викладачами, співробітниками інституту і студентами. На ЦМК розглядаються актуальні питання навчальної та навчально-методичної роботи кафедр інституту. Перше засідання новоствореної вченої ради, до складу якої увійшов 41 викладач, із числа тих, що мали науковi ступенi та вченi звання, відбулося 15.09.2005 р. (протокол №1). Колектив інституту виконує значний обсяг навчальної та наукової роботи. На всіх кафедрах ННІ завершено повний капітальний ремонт приміщень.

На кожній кафедрі ННІ створено власну бібліотеку навчальної та наукової літератури та комп’ютерний клас, де студенти можуть оволодівати знаннями з предмету, використовуючи віртуальні навчальні та контролюючі комп’ютерні програми, відеофільми, навчальні матеріали, представлені на WEB-порталі університету в системі Moodle тощо.

Оснащення ННІ включає 8 інтерактивних дошок, 17 відеосистем, 94 комп’ютери. Все це дозволяє організовувати навчальний процес на найсучаснішому рівні.

Завершено обладнання тематичних класів необхідними для вивчення відповідних тем приладами і апаратурою, заняття у яких проводяться за розробленими алгоритмами внутрішньокафедральних циклів з вивчення дисциплін, що дозволяє викладачам поглиблювати свою спеціалізацію і створити необхідну навчально-матеріальну базу з кожного циклу, а також постійно оновлювати навчально-методичні матеріали з кожного розділу з врахуванням найновіших досягнень науки. У цих умовах студенти мають можливість навчатися у кожного викладача кафедри. Продовжується створення кафедральних баз сучасних навчальних відеофільмів для перегляду їх з використанням відеосистем під час практичних занять та в процесі самостійної роботи студентів.

На кафедрах ННІ навчання студентів здійснюється за стрічковою системою та системою «єдиного дня». У відповідності до затверджених МОЗ України Галузевих стандартів вищої освіти були створені переліки засвоєння практичних навичок, які внесено у лінії практичних навичок (матрикули) і для належного засвоєння кожної практичної навички на кафедрах ННІ створені навчальні відеофільми.

Надзвичайно важливим завданням колективу ННІ є забезпечення належної підготовки студентів до складання Єдиного державного кваліфікаційного іспиту, який включає «Крок», іноземну мову за професійним спрямуванням, IFOM (International Foundations of Medicine – міжнародний іспит з основ медицини «Фундаментальні науки»). Для оцінювання знань студентів на єдиному тестовому іспиті до кожного практичного заняття створені тестові завдання трьома мовами, які постійно поповнюються і можуть бути ефективно використані для визначення вихідного рівня знань з усіх тем предмету. Відповідні бази тестових завдань подані у Центр незалежного тестування знань студентів і ввійшли у загально університетську базу завдань для проведення єдиних тестових іспитів. База тестових завдань на кафедрах ННІ включає понад 100 тисяч тестів, зокрема на кафедрі фармакології – 35113 шт, на кафедрі загальної гігієни та екології – 33120, на кафедрі медичної біохімії – 41522 шт. Робота з удосконалення тестів проводиться в інституті постійно – вони урізноманітнюються схемами, ситуаційними задачами, малюнками, таблицями, графічними зображеннями тощо. Також після кожної екзаменаційної сесії із бази видаляються невалідні тестові завдання та замінюються на нові. На сайтах кафедр у системі Moodle у повному обсязі створені і розміщені всі навчально-методичні матеріали з дисциплін, що викладаються на них, включаючи презентації лекцій та навчальні відеофільми, матеріали для підготовки до лекцій та практичних занять.

Враховуючи, що на кафедрах ННІ навчаються також іноземні студенти, всі робочі навчальні програми та додаткове методичне забезпечення розроблені, крім української, також англійською мовою у вигляді матеріалів для підготовки до практичних занять, презентацій лекцій, методичних вказівок для студентів, алгоритмів практичних навичок, методичних розробок для викладачів. Вони створені в паперовому та в електронному варіантах, тому студенти мають до них вільний доступ через Інтранет-мережу цілодобово.

Всього на кафедрах ННІ працює 21 англомовний викладач, в тому числі викладачі, які мають міжнародні сертифікати про володіння англійською мовою рівня В2.

Викладачі ННІ є авторами та співавторами 8 підручників з відповідних предметів, в тому числі національних, та понад 10 навчальних посібників, які використовуються у ВН(Ф)МЗ України 1-4 рівнів акредитації.