Навчально-науковий iнститут фармакологiї, гiгiєни та медичної бiохiмiї ім. М.П. Скакуна створений за ухвалою вченої ради Тернопiльського державного медичного унiверситету iменi I.Я. Горбачевського вiд 8 червня 2005 року № 14 та наказом ректора Тернопільського державного медичного університету імені І. Я. Горбачевського член – кор. НАМН проф. Л. Я. Ковальчука вiд 8 червня 2005 року № 201 з початком функцiонування з 15 липня 2005 року.

Інститут став структурним підрозділом медичного факультету, створювався він з метою підготовки сучасних спеціалістів, які повинні достатньою мірою володіти медичними знаннями і навичками, а також для проведення комплексних наукових досліджень за профілем інституту. На сьогодні основними структурними підрозділами ННІ є три кафедри з їх навчальними приміщеннями, обладнаними відповідно до вимог Положення про освітній процес у ТДМУ, кабінетами і оснащенням; лекційні аудиторії.